Что защищает каждый вариант

Оба варианта решают похожую задачу разными средствами — разница в охвате и цене за это:

Что важноMTProto-проксиVPN
Что защищаетТолько трафик TelegramВесь трафик устройства — браузер, почта, другие приложения
СкоростьВыше — меньше накладных расходов на шифрованиеНиже — шифруется весь поток целиком
НастройкаВнутри Telegram, обычно один клик по ссылкеОтдельное приложение, профиль на уровне системы
СтоимостьЧасто бесплатно — публичные серверы вроде каталога ChillProxyСтабильная скорость почти всегда платная

Когда выбрать прокси, а когда VPN

Если нужно решить конкретно вопрос с Telegram — прокси обычно быстрее и проще: ссылка, один клик, никаких системных разрешений. VPN имеет смысл, когда так же нестабильно открываются и другие сервисы, не только Telegram, или когда важно скрыть от провайдера сам факт, к чему вы подключаетесь, а не только не потерять доступ к мессенджеру.

Можно ли использовать вместе

Использовать оба одновременно можно, но обычно бессмысленно: если VPN уже включён на уровне системы, он заворачивает и трафик Telegram, а собственный прокси приложения в этом случае просто не у дел — Telegram всё равно идёт через VPN-туннель. Держать оба смысл есть только на случай, если один из способов внезапно перестанет работать — тогда есть что включить взамен.

FAQ

Нужен ли VPN, если в Telegram уже настроен прокси?
Нет, если проблема была именно в доступе к Telegram — прокси уже её решает. VPN добавляет смысл только если недоступны и другие сервисы.
Что безопаснее для Telegram — VPN или прокси?
Оба варианта не защищают от владельца сервера, которому вы доверяете трафик, будь то прокси или VPN. Разница в объёме: прокси видит только обращения к Telegram, VPN — вообще весь трафик устройства.
Почему Telegram вообще сделал свой прокси, а не отправляет ставить VPN?
Прокси внутри приложения не требует системных разрешений и отдельной установки — это проще для массового пользователя и быстрее по скорости, чем шифровать весь трафик устройства целиком.
VPN замедляет звонки в Telegram сильнее, чем прокси?
Обычно да — VPN добавляет накладные расходы на шифрование всего потока, включая голосовой трафик, тогда как прокси просто перенаправляет уже сформированные пакеты Telegram.